Интерактивный исследователь генов | Кодементор

Уже почти 2 года я работаю в глобальной биофармацевтической компании. Вместе с исследователями я работаю над приложениями для анализа (иногда больших) данных для поиска лекарств для пациентов с серьезными и опасными для жизни заболеваниями. Как вы понимаете, работа является конфиденциальной, поэтому я не могу делиться данными или результатами с другими людьми. Тем не менее, есть несколько инициатив по открытию исходного кода некоторых пакетов, разработанных внутри компании, и это здорово! Блестящий конкурс дал мне хорошую возможность отобразить некоторые из этих пакетов в приложении Shiny.

Перископ

Перископ — это новый пакет R, который предоставляет предопределенный, но гибкий шаблон для новых приложений Shiny с макетом панели инструментов по умолчанию. Кроме того, он предоставляет пользовательские оповещения, хороший индикатор занятости, сброс приложений и функции ведения журнала.

Одной из наиболее важных особенностей приложений Shiny, созданных с помощью этого фреймворка, является разделение по файлам функциональности, существующей в одном из трех блестящих масштабы. Это следующие области: глобальная, серверная глобальная и серверная локальная. Платформа вынуждает разработчиков приложений сознательно учитывать область действия в приложениях Shiny, делая различия области видимости очень четкими, не мешая нормальной разработке приложений. Рассмотрение области действия важно для производительности и масштабирования. Это очень важно при работе с большими наборами данных и/или с участием многих пользователей. Помимо предоставления шаблонного приложения, фреймворк также содержит ряд удобных модулей.

  • Модуль кнопки (мульти) загрузки файлов
  • загружаемый модуль таблицы.
CanvasXpress

Графики в приложении создаются с использованием CanvasXpress, который представляет собой пакет для (интерактивной) визуализации данных, особенно для воспроизводимых исследований. Он поддерживает большое количество визуализаций для отображения научных и ненаучных данных, в том числе: Площадь, Линия площади, Бар, Линия, Блочная диаграмма, Пузырь, Подсвечник, Аккорд, Круг, Контур, Корреляция, Плотность, Кольцевая, Точечная линия, Точечный график, Геном, Тепловая карта, гистограмма, Каплан-Мейер, макет, линия, карта, сеть, нелинейная подгонка, онкопринт, параллельные координаты, круговая диаграмма, радар, удаленные графики, Санки, Scatter2D, Scatter3D, ScatterBubble2D, Stacked, StackedLine, StackedPercent, StackedPercentLine, Sunburst, TagCloud, Дерево, Карта дерева, Венн, Видео, Скрипка. Этот Сообщение блога дает хороший обзор того, как начать работу с CanvasXpress.

Посмотреть Интерактивный исследователь генов или исходный код на гитхаб.

Похожие записи

Добавить комментарий

Ваш адрес email не будет опубликован. Обязательные поля помечены *